Το «Ίδρυμα Μαριάννα Β. Βαρδινογιάννη», θεωρώντας ότι η μόρφωση των παιδιών αποτελεί τη σημαντικότερη, μετά την υγεία , προϋπόθεση για την ευημερία και την πρόοδο της νέας γενιάς, τη δημιουργία μιας κοινωνίας άξιων πολιτών και το κτίσιμο ενός πολιτισμού ειρήνης, έχει εντάξει στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων του το Πρόγραμμα «Στήριξη Σχολείων».

Στόχος του Προγράμματος είναι να στηρίξει υλικοτεχνικά τις σχολικές κοινότητες και να παρέχει στους μαθητές περισσότερα εφόδια για την κάλυψη των εκπαιδευτικών τους αναγκών.

Στο πλαίσιο αυτό, παρέχει σε σχολεία βιβλία και σχολικά είδη, καθώς και οπτικοακουστικό υλικό όπως ηλεκτρονικούς υπολογιστές, laptop, εκτυπωτές, προτζέκτορες, διαδραστικούς πίνακες, συσκευές DVD, τηλεοράσεις, κ.ά.

Επίσης βοηθάει στην κάλυψη ελλείψεων σε σχολεία, όπως για παράδειγμα την έλλειψη πετρελαίου για την θέρμανση των τάξεων ή κλιματιστικών σωμάτων, σε ορισμένες περιπτώσεις ακόμα και την έλλειψη τροφίμων για μαθητές που ανήκουν σε ευπαθείς κοινωνικές ομάδες.

Μέχρι στιγμής το «Ίδρυμα Μαριάννα Β. Βαρδινογιάννη» έχει στηρίξει σχολεία στην Αθήνα, τον Βόλο, την Ερμιόνη, το Κρανίδι, την Κοζάνη, τη Μυτιλήνη, τον Πειραιά, την Κρήτη, κ.ά.

Σε ακριτικές περιοχές και σε νησιά έχει δημιουργήσει ή ενισχύσει βιβλιοθήκες όπως στους Φούρνους Ικαρίας, στις Πρέσπες, σε χωριά της Ξάνθης όπως τη Μύκη, τη Γενισέα και τη Διομήδεια.

Σε περιοχές που έχει πληγεί από φυσικές καταστροφές έχει στηρίξει τους μαθητές όπως στη Μάκιστο της Ηλείας αλλά και στα Άνω Λιόσια όπου δημιούργησε τον Παιδικό Σταθμό του Αγίου Νικολάου.

Συνεργάζεται με πολλούς φορείς και στηρίζει τα προγράμματά τους, όπως την ΜΚΟ «Σύμπλευση» για τη στήριξη σχολείων σε νησιά του Αιγαίου, π.χ. την Πάτμο, την Κάσο, την Κίμωλο και τη Σχοινούσα.

Υποστηρίζει την αθλητική παιδεία με τη δημιουργία του Κλειστού Γυμναστηρίου «Γεώργιος & Ευαγγελία Μπουρνάκη» στην Ερμιόνη Αργολίδας, τη στήριξη των Special Olympics Hellas, τη συνεργασία με την Ολυμπιακή Ακαδημία Ελλάδος, κ.ά.

Ενισχύει τη δημιουργικότητα των παιδιών με διαγωνισμούς ζωγραφικής, με βραβεία σε παιδιά σύμβολα, με αποστολή εκπαιδευτικών παιχνιδιών, κ.ά.

Το 2014 το «Ίδρυμα Μαριάννα Β. Βαρδινογιάννη» συνεργάστηκε με το «Heydar Aliyev Foundation» το οποίο διοργάνωσε μια φαντασμαγορική παράσταση Αζέρικης μουσικής και χορού στο Ηρώδειο τον Σεπτέμβριο, με την παρουσία της Πρώτης Κυρίας του Azerbaijan κ. Μehriban Aliyeva, τα έσοδα της οποίας διετέθησαν στο Πρόγραμμα «Στήριξης Σχολείων».